注文住宅は費用が割高になりますか？

まずは住宅展示会などに積極的に参加して、見積りをもらってみましょう。
見積りをもらうのは無料です。

設計をしてもらうと、費用はかかります。
しかし、住宅メーカーでも、工事費の中に設計費は含まれています。

プレハブ住宅は後に増改築の自由がききませんので、
将来予定があるようであれば、在来木造をオススメします。

設計事務所に依頼しても、競争入札をして、安く施工してくれる施工会社を選ぶという方法もあります。
施主様がこだわりを持っていらっしゃるなら、よい設計士との出会いが大切ですね。